يُستخدم تحليل البراز في تشخيص بعض حالات حساسية الجسم مثل: وفي حالات حدوث العدوى التي تُسببها البكتيريا والطفيليات والفيروسات التي تُصيب الجهاز الهضمي، وعند حدوث مشاكل في الجهاز الهضمي، مثل: سوء امتصاص العناصر الغذائية، ولتحديد نوع البكتيريا أو الطفيليات التي تُصيب الأمعاء، في أغلب الأوقات يمكن معرفة البكتيريا أو الطفيليات المسببة للأمراض من فحص عينة واحدة، ولكن في بعض الأحيان يتم أخذ ثلاث عينات من مرات تبرز مختلفة لتأكيد التشخيص